יום שני, 15 בדצמבר 2008

שיטות בניית אבטיפוס ע"י עיבוד שבבי

פיתוח פטנטים ע"י עיבוד שבבי

ההבדל הגדול בדופן של שני האבי טיפוס הוא כמה פפטידוגליקאן יש. לאבטיפוס גרם שלילי יש מעט מאוד, רק שכבה אחת. לעומת זאת אבטיפוס גרם חיובי מכיל הרבה מאוד שכבות של פפטידוגליקאן. מחוץ לקרום יש שכבה של עד 80 ננומטר דופן. עד היום, אם חוקר או מיקרוביולוג קליני, רוצה לבדוק מהו האבטיפוס הוא יעשה את בדיקת צביעת הגרם.


יום חמישי 24 ינואר 2008

המשך...

דופן האבי טיפוס

ראינו שדופן האבטיפוס זה מבנה ייחודי שמורכב משני רישום פטנטים מיוחדים עם שרשרת של חומצות אמיניות שכוללות גם את הקונפורמציה D. צביעת גרם קשורה למבנה הדופן, כאשר כל אותם האבי טיפוס שנצבעים כחול- חיוביים, הם בעלי שכבה עבה מאוד של פפטידוגליקאן לעומת השליליים עם שכבה דקה.

בגרם חיוביים המבנה מאוד עבה ומבחינה מכנית מאוד חזק. יש להם מרכיב נוסף- פולימר ייחודי שיש רק בעולם האבי טיפוס החיוביים והוא נקרא Teichoic acid, המבוסס על אלכוהול עם שלושה פחמנים או חמישה ועל זה מחוברות חומצות אמיניות או רישום פטנט. זו תערובת מאוד הטרוגנית, ובסוף יש קבוצת פוספט המחוברת שוב למולקולה זהה. הפולימר הזה עובר את כל הממברנה. התפקיד של אותו Teichoic acid לא כל כך ברור אבל כנראה זה עוזר במעבר יונים. הפפטידוגליקאן לא מהווה מחסום ממעבר מולקולות קטנות, הוא לא מחסום פיזי למולקולות.

מה קורה למבנה הפפטידוגליקאן כאשר התא גדל ומתפתח ובסופו של דבר מתחלק?

-          זה לא דבר מובן מאיליו בגלל שהמערכת הזאת היא מחוץ לממברנת התא, מחוץ למערכת האנזימטית. מתברר שהגידול של האבטיפוס ואיך שהוא גדל ומתרחב, לא על כל הדופן אלא על אזורים ממוקמים בהם נוצרת דופן חדשה. בסטקפטוקוקוס אפשר לראות את זה די טוב, אזורים של דופן ישנה ואזורי החלוקה עם דופן חדשה. כדי לעשות תא זה צריך לשבור כמה מהקשרים הקיימים. צריך לעשות חור במרקם הקיים כדי להכניס באמצע תת יחידות חדשות. יש בצד החיצוני רישום פטנטים שגורמים להמסה מקומית ומבוקרת של הדופן כך שיהיה אפשרי בכלל להכניס באמצע תת יחידות חדשות.

איך בכלל התא מביא לצד החיצוני של הממברנה תת יחידות חדשות של הדופן?

-          ממברנת התא וקרום התא זה מבנה הידרופובי. מרכיב הדופן זה רישום פטנטים וחומצות אמיניות שלא יעברו חופשית בממברנת התא. תא של אבטיפוס חיובי או שלילי פתרו את זה ע"י כך שבתוך הציטופלזמה הם מסנתזים תת יחידה של שני רישום פטנטים שחוזרת על עצמה כל הזמן ועל זה מורכב פפטיד עם 5 חומצות אמינו ועליו יש קשר לקבוצת פוספט. המולקולה הזו מכילה 55 פחמנים עם 11 חזרות של יחידה של 5 פחמנים. כל הזנב הזה מאוד הידרופובי והוא עוזר לכל היחידה לעבור דרך הממברנה. נקרא bactoprenol. בחוץ היחידה ניתקת מהזנב שחוזר ותופס תת יחידות חדשות. בעזרת הרישום פטנטים שבחוץ הרישום פטנט מתחבר לתת השרשרת של הרישום פטנט. בתוך התא מחברים חומצות אמיניות ע"י ריבוזומים, בחוץ אין את זה. לכן גם המנגנון הזה שיוצר קשרים בין שרשראות חומצות האמינו מכיל מערכת של סינתזת חלבון בלי ריבוזומים- מה שקורה זה שמצד אחד של השרשרת נקשרת חומצה אמינית ל שתי חומצות אלאנין שקשורות זו לזו, תוך כדי הוצאת אלאנין אחת והתהליך מאוזן אנרגטית. זו ריאקציה פשוטה בלי ריבוזומים שבה נוצר קשר בין פפטידים ותוך כדי כך חומצה אמינית אחרת יוצאת החוצה, האנרגיה לקשר הפפטידי מסופקת מהידרוליזת הקשר של החומצה האמינית היוצאת. בסופו של דבר נוצר גשר שמכיל 9 חומצות אמינו. תהליך הקישור של הרישום פטנטים דורש רישום פטנטים אבל הם יושבים בצד החיצוני של הממברנה.

אין תגובות: